根据《中国工程院章程》《中国工程院院士违背科学道德行为处理办法》等的相关规定，经院主席团审查确认，停止李宁院士资格。中国工程院强调，院士退出机制将一如既往严格依照法律和《中国工程院章程》等的相关规定。

２０１４年６月新修订的《中国工程院章程》，明确提出实行院士退出机制。章程规定，当院士的个人行为违反科学道德或品行不端，严重影响院士群体和工程院声誉时，应劝其放弃院士称号。当院士的个人行为涉及触犯国家法律，危害国家利益时，或涉及丧失科学道德，背离了院士标准时，应撤销其院士称号。

    《中国工程院院士违背科学道德行为处理办法》规定，对涉及触犯国家法律、危害国家利益的，自检察机关依法批准逮捕之日起，即停止其院士资格；自法院作出有罪判决生效之日起，即撤销其中国工程院院士称号。

停止或撤销的决定经院主席团审查确认，并通报全体院士。对法院未作出有罪判决的，将视情况由主席团作出处理决定。

去年１０月，有关部门首次披露中国农业大学教授李宁已被依法批捕。中国工程院当即表示，已注意到李宁被捕的相关报道，中国工程院将视司法机关认定的事实、性质和生效的判决，依据《中国工程院章程》和有关规定，按照程序对其作出严肃处理。

    审计署２０１２年审计发现数名教授弄虚作假套取国家科技重大专项资金的问题，其中涉及李宁等人承担的“转基因生物新品种培育”重大专项有关课题。此后，科技部停止了李宁等人承担的所有项目经费。